اگرچه داستان بازی مستقیماً ادامه نسخه مورتال کامبت: آخرالزمان است، اما در ادامه، داستان به نسخه های اولیه سری و در زمان نسخه ۱، ۲ و ۳ بر می‌گردد. داستان درباره رِیدن است که بعد از شکست خوردن از شائو کان در انتهای آخرالزمان، با سفردر زمان سعی در تغییر آینده دارد.
شخصیت‌ها
در این بازی ۲۷ شخصیت قابل بازی وجود دارد به علاوه تعداد نامعلومی شخصیت قابل دانلود (DLC). مبارزان این نسخه از بازی عبارتند از:
سایرکس
ارماک
کابال
جید
جکس
جانی کیج
کیتانا
کانگ لائو
کراتوس (شخصیت انحصاری در پلی‌استیشن ۳ و پلی‌استیشن ویتا)
لوکنگ
ملینا
نایت ولف
رپتایل
اسکورپیون
سکتور
سیندل
سونیا بلید
استرایکر
ساب-زیرو
باراکا
اسموک
کینو
شیوا
رِیدن
شنگ سونگ
کوان چی
سایبر ساب-زیرو
نوب سایبات
فِردی
اسکارلت
رین
کِنشی
همچنین به وسیله مُدهای نیمه رسمی در XBOX360 ، PS3 و PC میتوان به عنوان سه رئیس یعنی گورو ، کیتارو و شائو کان دسترسی داشت و با آنان بازی کرد.
